Enquanto os pais enfrentam o divórcio iminente, a adolescente Ellie passa um verão solitário isolada de tudo e de todos. Quando a sua gata Molly foge, a jovem parte à procura da única fonte de afeto que lhe resta, acabando por embarcar numa busca por si mesma. O Voo do Pinguim — paradoxalmente, os pinguins são das poucas aves que não conseguem voar — é uma delicada alegoria ao processo de transição para a idade adulta.